Les Rencontres Antoine de Saint-Exupéry sont organisées en douze tables rondes réparties sur trois jours. Les cinq axes thématiques sont les suivants :
Actualités d'Antoine de Saint-Exupéry
Humanisme et citoyenneté, aujourd'hui et demain
Antoine de Saint-Exupéry et le Petit Prince au XXIe siècle
Les nouveaux territoires
Chaque intervention durera entre 10 et 15 minutes (questions du public incluses). La première table ronde commencera le samedi 27 juin à 14 h 15, précédée d'un discours d'accueil. La dernière se terminera le lundi 29 juin 2009, à 18 h 30 et sera suivie, à 19 h 00, dans la grande nef du Collège des Bernardins, de la soirée du lancement officiel de la Fondation Antoine de Saint-Exupéry pour la Jeunesse.
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Samedi 27 juin
Dimanche 28 juin
Lundi 29 juin